小林製藥表示，他們用來製造保健食品的紅麴原料，跟賣給173間下游食品廠的紅麴原料使用的紅麴菌種類不同，目前吃出問題的都是服用保健食品的民眾。
製造紅麴原料的大阪工廠去年12月發現，原本在製造槽外用來加溫的溫水，不知何故居然跑到製造槽裡，小林製藥表示不知道從何時開始就有這個問題，事後已更換零件，並把該批紅麴作廢，但仍不清楚該起事故跟紅麴保健食品導致腎病有無關連。
大阪工廠已在2023年12月因老舊關閉，之後就由位於和歌山縣紀之川市的工廠接續製造紅麴原料。
日本厚生勞動省與大阪市府，今天派人到小林製藥位於大阪市中央區的總公司問話，想釐清小林製藥1月15日知道有消費者吃了保健食品生病後，為何遲至3月22日才宣布回收含紅麴成分的「紅麴降膽固醇錠」（紅麹コレステヘルプ）、「內臟脂肪代謝錠＋膽固醇」（ナイシヘルプ＋コレステロール）、「納豆激酶 GOLD」（ナットウキナーゼ さらさら粒GOLD）等3款保健食品，做為制定相關政策防止日後相同問題重演的參考。