醫師團體指出，醫學生總量原本就是根據全台醫療人力與醫學教育資源規劃而來，這次擴招是在沒有與醫界討論的情況下突襲通過，不僅破壞長年維持的制度，也可能影響醫療品質。他們認為，目前問題不是醫師人數不足，而是人力分布不均，像是偏鄉、基層醫療缺人，但熱門科別卻擠滿人。若盲目增加名額，只會讓資源更失衡。
基層醫療協會理事長林應然也警告，韓國曾試圖增加醫學院招生名額，結果引爆醫師大罷工，現在問題還沒解決。他說，台灣跟韓國一樣，真正的問題在於分配不平均，而非缺人。他也指出，大量新增醫學生不一定願意選擇冷門或忙碌的科別，反而可能拉低醫師薪資，得不償失。
醫師團體呼籲，教育部應與衛福部、醫界代表、醫師公會共同討論，研擬長遠、合理且兼顧醫療服務與教育品質的名額規劃。他們強調，總量控管不是為了限制發展，而是要確保醫療體系永續運作、病人安全無虞，千萬不能為了一時的政治決定，犧牲全體國民健康。