不少住院醫師向工會反映，過去一年來薪資不如預期，經計算後發現每小時加班工資僅為136元，遠低於基本薪資。經詢問醫院後，得知醫院認為薪資中的一部分津貼性質，並未算入計算加班費，因此住院醫師的實際收入遠低於預期。
工會擔憂，這些津貼屬於醫院盈餘發放，若財務狀況不佳，甚至可能完全不發，讓住院醫師的薪資更不穩定。
對此，台北市立聯合醫院回應，住院醫師屬契約聘用人員，薪資由本薪、職級加給與生活津貼組成，依法計算勞健保等費用。至於加班費，醫院並未依據《各機關加班費支給要點》，而是按照勞動部的函釋規定，以每月正常工時除以320、349或373小時計算，每小時工資再依《勞動基準法》第24條規定加成。前兩小時加班費增加1/3，第三小時起則增加2/3。
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醫院強調，獎勵金是為了鼓勵醫護人員努力工作，依醫療作業基金盈餘發放，並不屬於工資範疇。未來，醫院會持續檢討薪資結構，參考其他醫療機構的做法，以確保員工權益，同時維護醫療品質。