日前，勞動部勞動力發展署北分署因職場霸凌導致公務員輕生，調查結果報告引起眾怒，讓多位中央政府官員接連出面道歉，前勞動部長何佩珊也為此請辭，而洪申翰接任勞動部長後，決定隔日一早前往北分署訪查。
面對國民黨立委徐巧芯質疑，他今年2月就知道勞動部有嚴重霸凌發生，卻無動於衷，痛批洪申翰「根本算是這件事情的共犯。」
對此，洪申翰回應，當時他是立法委員沒有行政管理權，雖有聽聞相關情事，但不是接獲受害者陳情或有其他陳情人，再加上沒有掌握確切證據，也導致無法召開記者會。他解釋，有主動向勞動部反應跟提醒，不過沒有真正改變狀況。
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洪申翰說：「我知道這其中（霸凌申訴案件）必定有官僚主義在主導，上任後會確保類似申訴、反應及提醒都能被處理，不要被干擾或主導」並反駁外界懷疑他吃案、壓案「完全不是事實」。
針對國民黨立院黨團要求洪申翰盡速進行業務報告一事。他表示，樂意到立法院備詢、接受國會監督，這是作為政務官不可能回避的事，他都有看到相關指教，其中有建設性的建議會虛心參考。他提到，對於如何讓職場環境更加健全，會加倍努力的工作。
