柯文哲因血尿三次戒護就醫，其妻陳佩琪擔心病情加重，希望能自費就醫，並質疑為何羈押中被告非得在指定的合作醫院治療。對此，相關官員指出，這是《羈押法》明文規定，除非被告病情嚴重到合作的政府所屬醫療院所無法治療，才會轉到規模更大的教學醫院進一步治療，就算被告有醫生背景，或是羈押前已有信任的醫療團隊，在合作醫院能進行醫治的情況下，還是要依規定在合作醫院進行治療。
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官員還指出，羈押被告無論是戒護就醫或是保外就醫，都會事先向裁定羈押的法院陳報，若是保外就醫，還得法院同意後另做一個強制處分的裁定，比如交保或限制住居等。此外，對於民眾黨主席黃國昌還幫陳佩琪向北所提出自費就醫聲請，該官員指出，自費就醫必須經過2個關卡，第一關要由看守所審查，既使通過，還有第二關由裁定法院(本案為北院)裁定是否准許。
至於在監服刑的受刑人，官員指出，若身體不適仍必須在監獄的合作醫院戒護就醫，所有的健保費用都由國家負擔；但若獲准保外就醫，就可以選擇自己信任的醫院或醫療團隊，如前總統陳水扁目前保外就醫的情形就是如此，但前提是，保外就醫不列入服刑刑期計算，且一切費用都需自行負擔。
此外，對於羈押禁見的被告必須開刀住院治療時，是否要獲裁定法院同意並通知家屬，該官員表示，羈押被告只要離開看守所都要向法院陳報，但是否要通知家屬？依照監所的內部執行準則，只有住院時才會通知家屬相關病情，戒護就醫看門診或是無須住院的小手術，都不會通知家屬，而服刑的受刑人戒護就醫或保外就醫則是由監獄自行審核決定，無須再陳報任何法院，除非要住院，否則也不會通知家屬，而保外就醫也是由監獄依照受刑人病情審核，但保外就醫期間也是不列入刑期計算。