據《鏡週刊》報導，離職員工指控李懷瑾在績效考核中，刻意挑剔與貶低某位員工的貢獻，導致最終自請資遣，還多次拿公費進行高額餐敘與送禮，且未經內部討論即挪用預算出國等。
對此，文策院回應，同仁遭投訴職場霸凌一事，已聘請具法律、職業安全相關等專業外部委員，啟動內部調查，另對於該同仁於工作期間的相關爭議，也在深入了解中。
北市勞檢處則說明，已主動派員實施勞動檢查，經檢查發現，文策院已訂定職場不法侵害預防計畫，但部分執行紀錄（如查核評估表）欠缺，且計畫及執行紀錄未依指引執行，如未明定申訴案件處理期限、部分工作場所未有危害辨識紀錄等，勞檢處已依法要求事業單位限期改善。
根據勞檢處統計，反應有關職場不法侵害的申訴案件逐年上升，光是2024年就達776件，反映勞工的勞權意識逐漸提升，也顯示出北市企業對職場不法侵害防範的措施尚有不足。
勞檢處長梁蒼淇指出，雇主應依法建構完善的防範措施及事件處理程序，勞檢處將持續辦理相關教育訓練並加強勞動檢查，事業單位如違反規定，經通知限期改善，如期未改善者，將處3萬元以上十5萬元以下罰鍰。