洪瑞壕指出，該研究計畫於第一次招標時，共有23家廠商投標，包括「台灣預防醫學學會」在內的多家廠商因文件不符規定被判不合格。隨後，疾管署進行第二次招標，最終僅「台灣預防醫學學會」投標並得標。他質疑該學會成員之一為陳宜民，當時身兼衛環立委，並多次擔任衛生環境委員會召集委員，握有衛福部法案的排案權力，令人懷疑其標案過程是否涉及圖利或利益輸送。
洪瑞壕表示，他拒絕讓該學會通過審查，遭高層施壓後仍不妥協，結果卻付出代價——不僅被調離採購職務，還在短短兩年內換了四種不同的工作，考績全為乙等。他形容，這是權貴對基層公務員的打壓，最後只能選擇離職，「調離後才覺得真正鬆了一口氣。」
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針對洪瑞壕的指控，疾管署表示，該標案為疾病防治科技研究計畫，涵蓋五大主題，包括愛滋預防與共病分析等。第一次招標因部分研究需求未滿足且多家廠商資格不符規定，因此依法進行第二次招標。第二次招標僅「台灣預防醫學學會」投標，並最終得標，過程符合法規要求。
疾管署進一步解釋，依當時《公職人員利益衝突迴避法》舊法規定，非營利事業的公職人員關係人並未被納入利益迴避範疇。直到107年5月修法後，才將非營利事業公職人員關係人納入規範。因此，該標案的招標過程並未違規。
對於洪瑞壕的霸凌指控，疾管署強調，目前該案已進入司法調查，將全力配合相關單位調查，若發現有任何人涉及違法，將依法處理，絕不包庇。
此外，疾管署重申，所有採購案件均依採購法規辦理，審查與評估過程公開透明，外界可檢視其合法性。洪瑞壕在文中強調，他所述內容均屬公開資料，並已將相關證據提交檢調。他表示，「事實的真相就讓檢調來釐清」，同時對自己被職場霸凌一事感到無奈，直言：「我是生性樂觀的人，完全沒有自殺打算，若發生意外，請大家替我討回公道。」