根據世博官網介紹，在園區中共有46處公共廁所，其中18處是「性別友善廁所」，開幕之前勘查時，兩側是男女共用的隔間式廁所，中間的走道是共用的鏡子和洗手台。
然而《週刊女性PRIME》報導，後來發現園區中並不是每一間性別友善廁所都是相同格局，有些並非全是隔間，男性必須先經過女性專用的廁所，才能到達小便斗。
這讓許多日本網友議論紛紛，直說「這樣太恐怖不敢用」、「絕對不會去」、「是誰說要這麼做，太過分了」、「可以不要什麼都要多元性嗎？」也有記者質疑，雖說是誰都能使用，但誰來確保使用者的隱私和安全，部分遊客因此必須提高警戒心。同時也指出，這樣的空間設計可能存在偷拍的風險，甚至讓女性暴露在男性暴力的危險之中，成為犯罪的溫床。