國民黨團立法院黨團今批評，國安會秘書長吳釗變派副秘書長趙怡翔繞過體制喬事情。外交部、國安會各自為政、互扯後腿，放任外交、國安兩大系統互鬥、互卡。
對此，林佳龍在立院受訪駁斥，國安會與外交部合作相當密切，自己也待過國安會，了解國安會的發揮對外交工作很重要。外交部在第一線，特別是駐外館駐可以發揮總和外交，結合各部會力量，讓台灣走向世界，這也需要彼此跨部會合作。
針對日前發文挺林岱樺遭到黨內外攻擊，國民黨桃園市議員凌濤認為，林佳龍是為了換取正國會的林右昌或王義川被提名桃園市長。林佳龍回應，他沒有聽到凌濤的說法，但凌濤想太多了。
對於媒體問及，政務官不應該介入黨內初選。林佳龍表示，政務官對於有志於服務人民的同志，表達對他們的加油。