蔡正元24日指出，賴清德發表所謂「台灣獨立生態系理論」，說「台灣在幾萬年前就有長毛象、幾千年前就有南島語族」，他可能太忙沒時間讀書，犯了論述上的錯誤。
蔡正元說，賴清德說台南左鎮早有「長毛象」，經事實查核結果，台灣是亞熱帶氣候，不可能有寒帶動物「長毛象」，台灣也不太可能有溫帶動物的「猛瑪象」，台灣有的象類動物只有亞熱帶的「古菱齒象」，不知道誰給了賴清德錯誤的知識。
蔡正元續指，賴清德提到這個「獨立生態系」有40萬年，他可能真的不知道，現代人類出現不到30萬年，40萬年前的事跟現代人類毫無關係。第一批台灣人是30000年前的長濱人，已在15000年前消失，此後台灣島就是無人島；第二批台灣人是6500年前的大坌坑人，也在4000年前消失。
「在8000年以前，地球都處於冰河時代，海水大量凍結在南北極地區」蔡正元說，海水減少使海平面降低，降至現代海平面150公尺以下，而台灣海峽只有50公尺深，全部露出成為動植物可棲息的谷地。中國大陸的禽獸，包括長濱人、大坌坑人等人類，就大搖大擺走過「台灣地峽」進入台灣島，「古菱齒象」就是其中之一。賴清德的論述反而證實，台灣的生態系是中國的一部分。
蔡正元也提到，賴清德批評原住民去中國大陸祭祖，還說「原住民是南島語族的一部分，台灣是南島語族的起源地，不應該去中國大陸祭祖...」蔡正元認為，賴清德真的沒有時間讀書，竟然不知道2022年，諾貝爾醫學獎得主帕博（Svante Pääbo）早年發明的古DNA淬取技術，已經證明福建龍巖的奇和洞人，就是8000年前的南島語族，也是所有南島語族的祖先。
蔡正元強調，台灣的原住民，就是6500年前，從中國福建移居台灣的奇和洞人後代，台灣原住民去中國大陸祭祖，才是名正言順。