行政院發言人李慧芝轉述，卓榮泰指出，依照公務人員任用法第四條，涉及國家安全或者重大利益的公務人員，需要辦理特殊查核，然而相關制度與執行，現在有必要重新加以檢視，是否有執行不夠落實，或是現行規範需要因應情勢變化，加以精進之處，以有效防止境外敵對勢力無所不用其極地滲透。
卓榮泰說，他相信絕大部分的公務人員都是奉公守法、為民服務，但是為了守護國家安全和民主自由的生活方式，政府必須從制度面加強把關，更完善制度，也能對所有公務員提供更有力的保障。
卓榮泰也請政委馬永成，兩周內邀集相關單位，研議強化方案，並請所有公務同仁必須加強國安意識，身為公務員更要堅守對國家的忠誠。
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政委林明昕指出，對於公務人員的查核有法律與命令層次，比較細節的規定會在命令層次。他強調，只有涉及國家安全與重大機密的公務人員會適用此條規範，並非針對所有公務人員，只是在舊有制度下，更加落實管控。
林明昕說明，此法的態樣說明很具體，並且有救濟程序，不是漫無止境、為考核而考核的規範。
李慧芝也說明，目前的查核是以職等與職稱辦理，並非以接觸機密方式辦理，而這可能是未來要檢討的方向。
行政院人事行政總處人事長蘇俊榮表示，此次事件中，人員在任用時有接受過查核，但任用後是否要每年複查，將是會來要精進的方向。
林明昕補充，制度上要再設計更加落實，若是執行不力問題，那就不用修法；若辦法沒有符合法律意志，那就是制度有缺陷，要修辦法，修辦法還不夠，就要考慮修法律。考慮任用後是否定期、不定期重複查核。