二讀條文指出，立法院為有效行使憲法所賦予之職權，得經院會決議，設調查委員會，或得經委員會之決議，設調查專案小組，對相關議案或與立法委員職權相關之事項行使調查權及調閱權。調查委員會或調查專案小組得要求有關機關就特定議案涉及事項提供參考資料，並得舉行聽證，要求有關人員出席提供證言及資料、物件。
條文續指，調查委員會之名稱、調查事項、目的、方法及成員人數，由院會議決之。調查專案小組之名稱、調查事項、目的、 方法及成員人數，由委員會議決之。
第46條則指出，調查委員會或調查專案小組之設立， 均應於立法院會期中為之。但行使調查權及文件調閱權之時間不在此限。調查委員會及調查專案小組於議案調查完畢並提出調查報告、 調閱報告及處理 意見後即行解散，或於該屆立法委員任期屆滿時自動解散。
第46-1條指出，調查委員會之成員，由立法院各黨團依其在院會之席次比例推派之，並得視實際情況予以改派。調查專案小組之成員，由各該委員會委員推派之。調查委員會及調查專案小組應置召集委員一人，由所屬成員互選之。
第46-2條則是依照民進黨版本，條文明訂，立法院行使調查權不應逾越調查目的、事項及範圍，並應尊重其他機關受憲法機關保障獨立行使之職權，及行政首長就特定機密不予公開之行政特權，裁判確定權之訴訟案件就其偵查或審判， 所為之處置及其卷證，立法院不得行使調查權，尚未確定之訴願事件或其他依法應獨立行使職權之機關， 本於職權處理中之案件亦同，調查委員會成立後，其他依法應獨立行使職權之機關，處理相關案件時，調查委員會得停止調查。
第47條則指出調查委員會或調查專案小組為行使調查權，得要求政府機關、部隊、法人、團體或社會上有關係人員於五日內提供相關文件、資料及檔案。但相關文件、資料及檔案原本業經司法機關或監察機關先為調取時，應敘明理由，並提供複本。調查委員會或調查專案小組為行使調查權於必要時，得詢問相關人員，命其出席為證言，但應於指定期日五日前，通知相關人員於指定地點接受詢問。
條文續指，被調閱文件、資料及檔案之政府機關、部隊、法人、團體或社會上有關係人員在調閱期間，應指派專人將調閱資料送達立法院指定場所，以供參閱，由立法院指派專人負責保管。
第48條則指，政府機關或公務人員違反本法規定，於立法院調閱文件、資料及檔案時拒絕、拖延或隱匿不提供者，得經立法院院會之決議，將其移送監察院依法提出糾正、糾舉或彈劾。
48條續指，法人、人民團體或社會上有關係人員違反本法規定，於立法院調閱文件、資料及檔案時拒絕、拖延或隱匿不提供者，得經立法院院會之決議，處新臺幣一萬元以上十萬元以下之罰鍰，並得按次處罰至改正為止。前項罰鍰處分，受處分者如有不服，得於處分書送達之次日起二個月內，向立法院所在地之行政法院提起行政訴訟。