馬太鞍溪堰塞湖潰決釀災，後續仍有許多問題亟待解決。李鴻源在節目《下班瀚你聊》中指出，目前堰塞湖水量已下降至600萬噸，「沒有立即危險」，即使全部釋出，河川仍可承受；但真正的隱憂在於，如果再遇上颱風豪雨或規模五級以上地震，脆弱的山壁極可能再次崩落，「就會再形成第二次堰塞湖，危機永遠存在。」
他進一步解釋，災後下游河床已經淤高3至5公尺，讓河道變淺、通洪能力下降，再有強降雨更容易氾濫，「清淤的量很有限，清出的泥沙要搬去哪？」至於外界建議加高堤防，他直言「經費是天文數字，工程時間也非常久」，短期難以見效。
除了工程挑戰，李鴻源也呼籲政府思考更根本的對策。他表示，根據團隊的模擬演算，未來再度潰壩的機率只會越來越高，「政府要認真思考如何把這些村民遷走」。但他強調，遷村不是簡單的口號，還要面對居民的就學、就業、就養等複雜問題，「今天大家熱心幫忙清掉淤泥，這只是第一步；兩週後災民才會意識到什麼都沒有了，後面就可能引發憂鬱症，一個大的災難以後，容易出現自殺潮。」
針對外界質疑為何不選擇爆破引流，他也給出解釋：馬太鞍堰塞湖地質年輕脆弱，內部結構難以掌握，「要放多少炸藥才夠？萬一引起山崩呢？直升機也很難把怪手吊進去，就算真能開挖，關鍵時刻壩體垮掉，工人連跑都跑不了。」
李鴻源強調，這次災害暴露出台灣防災體制的「多頭馬車」問題。堰塞湖位於林保署管轄的林班地，但林保署根本沒有能力處理，這種災害需要跨部會整合，台灣真的需要一個專責的「防災總署」，才能避免救災效率被政治與權責分散拖累。