縣府初步統計，本次災情對農糧及畜牧業造成重大損失：
畜牧業部分：一處養禽場2棟禽舍、管理室及堆肥舍全毀，約3,000隻肉雞流失；一處肉牛場全區遭洪水與泥沙淤積，80隻仔牛泡水，其中10隻死亡，另放牧區約120隻肉牛遭洪流沖失；另有蛋雞場與養禽場全區受淤積影響，損失持續清查中。整體初估經濟損失約新臺幣1,600萬元。
農糧作物部分：截至9月25日，災損面積達259.92公頃，損失金額約1,147萬7,000元。其中水稻受災最嚴重，約131.86公頃（光復130公頃、鳳林1.5公頃、玉里0.36公頃）；其次為大豆81.09公頃（玉里25.59公頃、壽豐20公頃、光復20公頃、鳳林15.5公頃）。
農田埋沒：合計304.37公頃，損失金額高達2億4,349萬6,000元，其中光復鄉即占300公頃，其他分布於鳳林、玉里、富里及壽豐。
縣長徐榛蔚指出，農業部已於9月25日公告光復鄉全品項救助及全縣大豆救助，縣府農業處持續進行全縣勘查，爭取第二次公告救助。縣府也已動員防疫所支援藥劑與消毒設備，並向農業部爭取啟動天然災害現金救助及低利貸款等補助措施，協助業者重建。
縣府呼籲，馬太鞍溪沿岸畜牧及農業業者應持續關注河川水位與後續降雨，並保持與當地公所及防災單位密切聯繫。如有畜禽死亡，請即刻通報鄉鎮公所或縣動植物防疫所，以利後續救助與防疫工作，共同守護花蓮農業與畜牧產業安全。