柯文哲的政治獻金去前被踢爆有多筆未如實申報，柯文哲幕僚團隊立刻緊急調查，發現是負責向監察院申報的會計師端木正有申報不實的問題，經北檢調查後，檢察官認定他明知柯政治獻金專戶申報內容有落差且未完成查核，卻涉嫌自行調整9筆不實交易，並出具不實查核的報告給監院，在政治獻金案中一併被依偽造文書罪嫌起訴。
此外，監察院公布2024總統候選人申報的會計報告書中，當時承辦柯文哲造勢活動的時樂公司，與柯文哲演唱會的承辦公司尼奧公司均表示沒收到申報資料的款項，民眾黨幕僚查核，發現委託的會計師端木正為便宜作業而擅自調整，將競選團隊蒙在鼓裡，導致申報不實，端木正後來在檢調約談時，還供稱是木可發票不夠，才拿假發票報帳。
但北檢認定，端木正明知柯文哲的政治獻金專戶申報未達平衡、收支部分也有許多疑慮，且還沒完成查核，竟擅自作主，出具不實查核報告交給監察院，且在監察院以申報帳目登入不完整要求退回補正時，在未取得憑證下，將支出項目紀錄時樂、尼奧、佳聖、木可等公司共有9筆的不實交易，因此依偽造文書罪起訴端木正。
至於台北市前都發局長黃景茂，檢方認定他明知京華城獎勵容積案違法，卻為官位攀附當是的北市市長柯文哲，顯然違背都市計畫專業，圖利財團百億不法利益，至今不認罪，犯後態度不佳，因此依圖利罪起訴並劍建請台北地院量處7年徒刑，併科1千萬罰金。