小兒科醫師施勝桓指出，近期不論是口服克流感，還是急診常用的針劑抗病毒藥物，療效都顯著下降，「以前吃藥退燒很快，現在大約有10%至20%的病人會反覆發燒，治療效果確實不如過去。」
對此，疾管署29日出面回應，根據監測資料，今年檢出的A型H1N1病毒株中，約有6.5%帶有抗藥性突變，比去年的3.2%略高。但目前社區流行的病毒株已轉為A型H3N2，占比超過一半，且未檢出抗藥性；至於B型流感與另一種口服抗病毒藥「紓伏效錠」也都沒有抗藥性問題。
疾管署強調，抗藥性主要集中在A型H1N1，影響相對有限，加上9月後H1N1比例持續下降，疫情風險可控。署方也宣布，10月1日起公費抗病毒藥物將擴大適用，凡是出現類流感症狀的特定族群，經醫師評估後無需快篩即可使用；公費流感疫苗同日開打，將進一步降低重症風險。
疾管署呼籲，民眾不要小看流感威力，平時要勤洗手、注意呼吸道衛生，有發燒或咳嗽症狀應戴口罩並及早就醫，並在家休息避免傳染他人。相關藥物使用規範、合約醫療院所名單及流感資訊，可上疾管署官網或撥打1922專線查詢。