花蓮慈濟醫院、門諾醫院、部立花蓮醫院與北榮玉里分院，在災後第一時間就設立臨時救護站，協助災民醫療需求。陳相國理事長表示，醫護展現「人溺己溺」的精神令人感動，因此致贈每家醫院10萬元慰問金，感謝他們的辛勞。
不只大型醫院，位在重災區的柏仁診所、葉日昇診所、林梓欽診所及光復鄉衛生所，也因泥流灌入導致服務中斷，醫療量能大受影響。陳相國理事長除表達慰問，也針對診所最迫切的需求給予協助，每家診所提供5萬元慰問金，並加碼捐贈5萬元等值電腦設備給光復鄉衛生所，協助儘快恢復醫療服務。
陳理事長指出，天災發生時，救人與醫療最為緊急。他形容現場猶如戰場，但也見證了各地志工自發投入清淤的感人一幕。醫師公會全聯會率先捐出100萬元拋磚引玉，並呼籲各縣市醫師公會與醫療相關團體踴躍捐款至衛福部「0923災害募款專案」專戶，讓台灣展現出人性光輝與同胞大愛。