台北市副市長林奕華22日受訪時坦言，論壇進度並未如預期順利，兩項MOU（合作備忘錄）內容涉及中央部會及上海，相關細節尚未完全確定，希望能有更周延準備，因此擇期舉辦，以確保論壇品質「辦得好」而非「辦得快」；此話一出，引起國民黨議員批評陸委會阻撓雙城論壇舉辦。
對此，陸委會解釋，在合作備忘錄審查期間，多次主動聯繫北市府，並持續、密切地溝通，積極協處相關主管機關，最終於19日獲得共識，「預計出發前可以通過許可」，沒有外界所謂「已讀不回」或「阻撓阻礙」狀況。
不過，台北市今勞動局表示，自8月28日將職業技能培訓合作備忘錄（下稱職能培訓MOU）送交中央主管機關後，9月24日獲勞動部回文，建議就文字修正並重新進行申請；過程中陸委會、勞動部都曾口頭要求來回修改內容，就算確認文字方向，北市還需將修訂版提供上海方，雙方須再次確認才能成為可簽署的最終版，溝通時程上確實趕不及。
勞動局說明，自8月28日將職能培訓MOU發文中央（正本：勞動部；副本：内政部、陸委會）後，陸委會於9月12日要求勞動部與市府進一步釐清合作範圍，並在9月18日再次要求市府修訂內容；9月19日市府與陸委會透過電話聯絡，晚間才口頭確認初步文字方向，但仍沒有達成足以完成最終法定程序的版本。陸委會要求修改名稱、內容超過一半，依照規定，更改名稱必須重新送出申請，考量時間緊迫，無法倉促送案。
最後，勞動局強調，雙城之間需要務實交流，陸委會也多次表達對雙城論壇樂見其成，期待獲得中央政府給予明確的支持，達成「雙城好、兩岸好」的目標。