疾管署指出，颱風與強降雨容易讓地面出現大量積水與髒污，增加感染風險。民眾在清理家園時，容易接觸被病菌污染的泥水，除了類鼻疽與鉤端螺旋體病外，也要小心腸道疾病與登革熱。建議落實「裝備要齊全、飲食要注意、清除孳生源」三步驟防疫原則，降低感染機率。
其中，今年類鼻疽累計已有35例本土病例，包含2人死亡，是歷年同期第3高。患者年齡多為50歲以上，病例以高雄市最多（27例），其次是台中市（5例）、台南市（2例）、屏東（1例）。而鉤端螺旋體病截至8/4共19例，雖較往年同期少，但4例與此次風災直接相關，提醒民眾不可大意。
疾管署呼籲，在清理淹水環境時務必穿戴防水手套、長靴與口罩，避免病菌從皮膚傷口或吸入空氣中進入體內。特別是有糖尿病、肝病、肺病、癌症或免疫力低下者，如果出現發燒、咳嗽等症狀應立即就醫，避免延誤治療時機。
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另外，登革熱風險仍在，今年境外移入病例已達124例，創近6年同期第2高。雖本土病例尚未出現，但雨後容易滋生病媒蚊，疾管署呼籲落實「巡、倒、清、刷」，主動清除積水容器，防止病蚊孳生。如出現發燒、肌肉痛、出疹等症狀，也請儘速就醫並告知旅遊或活動史，協助醫師正確診斷與通報。