這次洪災，花蓮縣率先開設「花蓮縣重大災害民間賑災捐款專戶」，而衛福部則成立「0923花蓮馬太鞍溪堰塞湖災害募款專案」。據《中央社》報導，縣府統計自10月1日，善款已經累計1億3321萬3161元。

而衛福部今晚則在臉書指出，統計自10月1日，已募得23萬7452筆捐款，共計7億8402萬8596元。