卓榮泰今主持行政院會，要求中央與地方救難人員，以及各級政府工作同仁，務必全力搜救失聯中的國人同胞；他強調，此次災害讓國人再次體會國土韌性與防災體系都必須更強化，更重要的是，對未來類似情況，包含馬太鞍溪及其他河流的堰塞湖，如何做好檢討及處置，將是未來重點工作。
卓榮泰指出，此次不幸罹難者多發生在一樓，除了哀悼之外，必須查明死亡原因，才能更有效改進未來撤離工作。同時，目前仍有大量民眾安置收容中心，應考量並確保民生物資充足、各項藥品充裕、環境維護或遷移至更安全地點等，請前進協調所與花蓮縣政府合力完成改善工作。
卓榮泰表示，為加速復原工作，儘速恢復居民正常生活，行政院已成立前進協調所，由經濟部賴建信次長擔任總協調官，其他多位部會次長擔任協調工作共同進駐，將中央災害應變中心與地方連成一線，共同合作，調度一切可用資源，確保各部會持續對後續變化，均能具應變行為及加速復原重建。
卓榮泰請農業部在天候許可及考量人員安全等前提下，儘速復原在壩頂的水位偵測器，期以科技方式掌握確切資訊。不論透過航拍、無人機空拍等方式，均須完成實地勘查工作，並於確認壩體安全穩定無虞後，才可解除紅色警戒。
此外，卓榮泰也請農業部儘速評估並規劃未來中長程計畫，妥善排出堰塞湖剩餘水量，減少水壓對壩體的影響。在尚未完全處置完成之前，亦須更新各類可能情境模擬狀況，動態調整警戒與應變機制，強化預警系統，適時啟動必要預防性撤離工作，減低災害發生。