花蓮地檢署2月接獲檢舉及告發後，開始調查罷免查水表案，3月26日帶回明良臻、吳俊毅、鍾威霆及王姓、蔡姓、辛姓、陳姓等4名戶政人員訊問，訊後諭知吳、鍾、王、蔡、辛及陳等，以2萬元至30萬元不等交保，明有湮滅證據、勾串共犯及證人之虞，檢方聲請羈押禁見獲准。
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花蓮地檢署主任檢察官廖榮寬今天指出，縣選委會2月3日曾舉辦選務協調會議，表示提議人名冊簽章查對工作屬選委會權責，戶政機關僅可照戶籍登記資料，查對提議人的年齡、居住期間、是否具原民身份、身分證字號、戶籍地址是否書寫錯誤及不明等。
明良臻在協調會議結束後，指示吳俊毅邀集各戶政事務所主任到民政處開會，以選委會查對工作有時間壓力、人力缺乏與經費不足為由，請各戶政所主任對罷免案提議人名冊簽章真偽，實地嚴格查訪，雖有數名主任提出疑義，明良臻仍要求強力執行。
檢方認為，吳俊毅明知明良臻指示與法不符，卻未提出疑義，而是發送查詢單範本給各戶政所主任，明在會議結束後，指示民政處下屬打電話給各戶政所主任，要求回報實地查訪進度，還要求部分村里長協助指引戶政人員到提議人戶籍地，並要部分主任複印提議人名冊。鍾威霆明知上級長官指示違法，仍要求戶政所人員實地查訪，直到民眾拍照上傳社群才停止。
廖榮寬表示，檢方依違反個資法第16條規定，及犯同法第44條、第41條公務員假借職務上權力，違法利用個人資料罪嫌對3人提起公訴。至於另外4名戶政人員部分，檢方認為4人依上級公務員指示，主觀沒有明知行為違法，部分屬於犯罪嫌疑不足，因此未起訴4人。
花蓮地檢署今起訴被告明良臻等3人涉嫌違反個人資料保護法案件，花蓮地院收案即行分為114年度訴字第61號案件，因被告明良臻於偵查中經羈押，由檢察官移審至花蓮地院。
案經合議庭審判長法官呂秉炎、陪席法官曹智恒、受命法官簡廷涓審議後晚間裁定，被告明良臻准予以新臺幣50萬元保證金具保，並限制住居在本院指定之地點，及限制出境、出海8月暨於限制出境、出海期間內以電子設備監控其確實行踪。
合議庭法官認為，被告明良臻經訊問後，已坦承大部分之客觀事實，僅爭執其並無違反個人資料保護法之犯意，然觀諸同案被告及相關證人於偵查中之供述，並參以卷內之其他證據資料，足認被告明良臻涉犯違反個人資料保護法罪嫌重大。
地院審酌被告明良臻之社會經歷、工作職位、智識及經濟能力，認有事實足認其有逃亡之虞，而有羈押之原因存在。惟被告明良臻自偵查中執行羈押至今已有相當時日，檢察官於偵查階段之取證程序亦到一定程度，衡以羈押為對於人身自由限制之最強烈手段，暨權衡國家司法權對犯罪追訴遂行之公益、羈押之比例原則，並參酌檢察官、被告明良臻及辯護人之意見，認若被告明良臻能向地院提出一定數額之保證金供擔保，並對其為限制出境出海、限制住居，及命其接受適當之科技設備監控，應足產生相當之拘束力，而可作為羈押之替代手段，以確保本案後續審判或執行程序之進行，是爰裁定如上。全案得抗告。