台南地區農會的前身是台南市農會，在台南縣、市合併升格為直轄市後，原台南市農會更名為「台南地區農會」。台南地檢署於今年9月間指揮調查局南部機動工作站偵辦此案，楊憲仁(64歲)在9月20日被聲押獲准後迄今近2個月，檢方今天偵結起訴楊，並將楊移送台南地院審理、開續押庭。
台南地院訊問後，因被告坦承全部犯行，且檢察官偵查行為已完結，無勾串共犯或證人之虞，無羈押原因及羈押必要性，裁定被告請回。
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檢方查出，楊憲仁本應依農會管理相關辦法公平核發員工獎勵金，但他在發放員工獎勵金時，每年有權核給業務點數的部分，都給自己最高的210點數；核給其他員工的業務點數僅0.024點到10多點不等。
台南地區農會員工雖有100餘人，但歷年總獎勵金的13％至23％不等都歸楊憲仁領取，檢方查出，楊多年來以溢發給員工獎勵金再要求員工繳回的模式，把繳回的獎勵金侵吞、中飽私囊，查得8個年度有具體證據的就有1136萬9750元，造成總盈餘額度減少，導致影響下一年度可提撥法定公積、公益金、農業推廣費、訓練經費及理監事等工作人員酬勞金等費用。
楊還向檢方承認員工升遷時會送他金錢紅包，曾有員工升遷時就交付20餘萬元紅包，可見其長年把持農會，未能廉潔自持、操守不佳，敗壞職場風氣，素行難認良好。
檢方表示，雖然楊大致坦承犯行、在偵辦時全數繳回犯罪所得，但他對員工繳回動機與使用目的仍多飾詞狡辯，辯稱用於業務送禮或捐棺材做公益等；楊並憑藉總幹事身分要求員工配合繳回溢領的獎勵金，員工畏懼楊有人事、獎懲權不敢不從，他竟大言不慚說是員工自願繳回，犯後態度難認良好，請台南地院法官從重量刑，以為懲儆。
其他涉案被告、台南地區農會葉姓辦事員、農會成功辦事處楊姓主任、農會已退休前蕭姓秘書3人所涉背信罪嫌，獲南檢緩起訴處分。