國會職權修法爭議，藍白陣營與綠營在立法院不斷爭議，最後鬧上司法裁判的最高殿堂「憲法法庭」，民進黨立法院黨團、行政院、總統賴清德、監察院先後聲請釋憲及暫時處分。7月10日，憲法法庭就暫時處分開準備程序庭，7月19日裁定國會職權修法中的「聽取國情報告」、「聽取報告及質詢」、「人事同意權行使」、「調查權行使」、「聽證會舉行」及「藐視國會罪」等規定暫時停止實施。
憲法法庭宣判違憲部分包括，立法院聽取總統國情報告時，無指定國情報告內容的權限，也無就其國情報告內容，對總統為詢問、要求總統答復，或要求總統聽取其建言之權。立法院職權行使法第15條之1第2項、第3項、第15條之2第1項規定，及同條第2項關於「就其職權相關之國家大政方針及重要政策議題」規定部分，暨第15條之4規定，其立法均逾越立法院憲法職權範圍，牴觸憲法權力分立原則，均自本判決宣示之日起，失其效力。
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宣判主文指出，關於要求總統依條文所定期限，主動向立法院送交國情報告書及赴立法院進行國情報告之規定，乃屬以法律要求總統為憲法所無之特定行為，其立法已逾越立法院憲法職權範圍，牴觸憲法權力分立原則。
至於藐視國會罪規定，公務員於立法院聽證或受質詢時，就其所知之重要關係事項，為虛偽陳述者，處一年以下有期徒刑、拘役或二十萬元以下罰金。大法官認為，立法目的尚難謂屬追求憲法上重要公共利益，其所採手段亦非有助於立法目的之達成，且尚有其他更有效之手段可資運用，均不符刑罰最後手段性之要求，違反憲法比例原則之要求，牴觸憲法保障人身自由之意旨。
直到8月6日，憲法法庭邀集民進黨立院黨團等聲請人、立法院代表及各陣營的訴訟代理人、學者專家等就提出的主張進行言詞辯論程序，當天歷時約6小時辯論終結後，審判長許宗力宣示，全案將在言詞辯論終結後3個月內判決，本月19日，憲法法庭公告國會職權修法釋憲案於10月25日宣判。
這起全國矚目的釋憲案，緣於立法院今年5月28日三讀通過國會職權修法，行政院提出覆議後遭立法院否決，總統6月24日公布後，國會職權修法於6月26日生效，不過，民進黨立院黨團、行政院、總統賴清德、監察院先後聲請釋憲及暫時處分。憲法法庭7月19日裁定部分法律暫停適用。
憲法法庭於8月6日進行言詞辯論，聲請人等主張，此次修法程序背離責任政治與民主原則，有重大明顯的違憲瑕疵。其中就總統向立法院國情報告義務，創設總統對立法院負責的關係，嚴重混淆行政院向立法院負責的中央政府體制設計及權力分立安排，牴觸《憲法增修條文》規定意旨。
至於人事同意權行使，民進黨立院黨團等聲請人主張，被提名人有答覆問題及提出資料義務，並對違反者明定可不予審查，這會讓憲政機關有因立法院消極不行使同意權而陷於無從行使職權窘境，違背憲法所定機關的忠誠義務。
其次，針對調查權的相關修法，聲請人也認為，該法逾越司法院釋字第325號、第461號、第585號及第729號解釋等建立的立法院職權行使界線，其中平行調查及立法院調查報告具有拘束監察院效力，更侵入監察權的核心領域，不僅影響監委獨立性，更違反權力分立原則。
有關聽證會，國會職權法可能侵犯人民緘默自由及隱私權、財產權等權利，有違反正當法律程序疑慮，而刑法第141條之1不僅違反法律明確性原則，也違反正當法律程序。
立法院則主張，修正立院職權法目的在於維護人民知的權利，修法過程符合相關議事規則，且與釋字第499號解釋情形有別，不宜採相同審查標準，而總統是最高行政權的一部分，總統國情報告是「不真正義務」，即非法律義務而是總統的政治承諾，相關規定並不違憲。
立法院還認為，人事同意權為行政及立法兩權共享，規定也符合國會自治而合憲。另「質詢」是憲法賦予立委的權利，藉此讓人民瞭解施政方向、法案及預算執行，同時揭露違法、失職情形，若官員得任意拒絕出席、答詢，質詢權將形同虛設。至於立法院調查權，立法院認為是國會固有權限，對事不對人，追究政治責任，與監察院的調查權完全不同。