林保署指出，11日召開地震之預警與發布機制研商會議，於超越震度基準時，立即由縣府消防局發送細胞廣播簡訊予民眾；15日行政院政務會議馬太鞍溪堰塞湖應處報告案，向院長簡報說明完整因應作為及成果；17日花蓮縣政府召開疏散撤離專案小組分工會議，確認由縣農業處主政、相關局處配合辦理。
之後19日農業部專案小組召開第二次會議，並依據專家建議，請花蓮縣政府進行警戒區疏散作業；20日中央災害應變中心會議，因氣象預報雨量可能達600毫米，依據專家建議，擴大疏散範圍，並請花蓮縣府進行疏散作業。
直到21日上午11時，林保署發布黃色警戒與細胞廣播簡訊，提醒民眾依據政府指示採取避難措施；22日7時發布紅色警戒，並於7:00、09:00、12:30分別發布細胞廣播簡訊，提醒民眾依據政府指示採取避難措施。
溢流當天0時起，林保署共發布七次紅色警戒通報單予花蓮縣府，並於6時發布細胞廣播簡訊，提醒民眾採取避難措施；14:50堰塞湖溢流後，於15:00、16:30再度發布細胞廣播簡訊，提醒民眾儘速避難。