2023年3月間，有3名從事業務工作的女子開記者會並向台大控訴，指遭鄭文芳下藥猥褻、性侵，其中一名藥廠女業務控告鄭男乘機性交，指稱受鄭男邀約到居酒屋餐敘，喝下鄭男準備的紅酒後昏迷，醒來發現裸體躺在汽車旅館床上。台大醫院於2023年底解聘鄭男。
3名被害女提告後，檢警去年4月搜索鄭文芳住處、台大醫院辦公室，但鄭男否認下藥，辯稱看到女業務很累，所以協助她們就近找地方休息，檢方訊後諭令他40萬元交保。北檢查到證據，認定鄭男是在酒中摻入不明藥劑，趁3名女業務昏迷無法抗拒下，對其等猥褻、性侵，因3名被害人及時醒來、抗拒，才未得逞，去年11月依加重強制性交未遂、加重強制猥褻未遂等罪起訴鄭男。
台北地院今年3月25日傳喚鄭文芳開準備程序庭，但鄭男無故未到，也拘提不到，確認鄭文芳潛逃後，上個月對他發布通緝，並裁定40萬元交保金沒收。
台大醫院院長吳明賢今出席院內記者會後，一開口就砲轟鄭文芳「簡直是台大之恥，也是台灣醫界之恥」。他說，鄭文芳已不是台大醫院員工，已受台大醫院懲處。吳明賢痛斥，做錯事就應接受法律制裁，鄭文芳不敢面對法律，不管作為醫師、老師，他都做了最壞示範，辜負栽培他的台大及國家社會。
吳明賢痛批鄭文芳，不管跑到哪，一輩子都帶著污名，有膽做壞事卻沒膽接受處罰，是最壞示範，不管從哪個角度，「真的是醫界之恥」。
