大西洋飲料公司主張，要求於急迫時間內倉促將產品全面下架，造成鉅額損失，違反比例原則，而且公司自行在通路抽驗產品，並無沉澱物或混濁，送驗報告在菌類、微生物等檢驗均呈現陰性，請求撤銷處分。
台北高等法院認定，新北市衛生局抽驗產品均以黏貼封條，放置在採檢箱時溫度，以及送至衛生局檢測時溫度相同，檢驗產品同一，並無受溫度改變而影響狀態，且衛生局使用直接觀察、鑑別檢驗方法符合規定，新北市政府以原處分令限期下架回收及提具銷毀計畫書，並無違誤。
法院指出，公司自行送驗產品未見白色沉澱物及菌類、微生物等檢驗呈陰性部分，因本就與新北市府抽驗樣品不同，無從為有利於公司的認定。
此外，判決書中提及，蘋菓西打違法已有前例，107年6月曾有大量消費者客訴產品變質，卻仍持續產製，並將已變質產品對外銷售，致多人腹瀉；經查為生產線遭污染並孳生酵母菌等，導致產品變質，時任總經理孫幼英遭判刑6月確定。
法院同時指出，本案為消費者先後向桃園市衛生局、新北市衛生局通報產品變質及沉澱，衛生局執行稽查並抽驗。新北市政府審酌產品販售層面廣泛、數量眾多，且前有違反食安法情事，造成民眾恐慌，打擊國內食安形象等，以原處分令限期下架回收及提具銷毀計畫書，經核並無裁量瑕疵、違反比例原則等違法，日前判決大西洋飲料公司敗訴，可上訴。