週刊報導，吹哨者指出當時在台中潭子廠內，有員工發現12籠、共120隻白老鼠被關在半開放塑膠籠中亂竄，旁邊堆著4個被尿浸濕、發臭變色的紙箱，地上還有數不清的黑色鼠屎。國光回應，老鼠只是短暫停留，事後就送往動物房，也沒有進入產品生產區。
潘飛強調，研發區與生產區有明確區隔，連人員進出都有嚴格控管，老鼠事件與去年疫苗變色事件是兩回事，請大家不要混為一談。他也補充，研發實驗室並不屬於GMP規範內，因此不會影響藥品品質。
據ettoday報導，針對老鼠為何一度出現在大樓入口處，國光說，是因為供應商沒遵守約定，提早在清晨6點半把老鼠放在大樓一樓門口就離開。公司員工7點上班後馬上發現，並依程序檢查無異後，立刻移送到合規動物房妥善安置。
國光表示，事件後已檢討內部SOP和供應商配合流程，並新增緊急處理機制，防止類似情況再發生。同時針對員工申訴事件，勞工局已查核，並未發現重大缺失，只需補強內部流程。
食藥署也已派員前往國光生技稽查，確認該實驗室屬研發部門，並未參與疫苗製造或品管。後續將查閱相關記錄，若有違規將依《藥事法》處以3萬至200萬元罰鍰。食藥署強調，流感疫苗均經過11項檢驗，品質安全無虞，請民眾放心。