艋舺清水巖祖師廟，與龍山寺、保安宮並譽「臺北三大廟門」，不僅見證了台北市最早的漢族移民聚落的形成與街區發展的歷程，在日治時期更曾扮演總督府圖書館籌備處，並孕育了老松國小、龍山國小、中山女高、成功高中與艋舺幼稚園等教育機構成立。因此早在1985年就被文建會指定公告成為古蹟。
這樣珍貴的文化資產不僅不為大眾所珍惜，近年不但有鄰里違建為裝修自家房屋將祖師廟牆壁撬壞而產生訴訟糾紛，甚至連政府機關的許多施工單位也毫無文資意識的造成破壞。如2024年初，台北市環保局清潔員在未通知廟方的情況下，在祖師廟外牆上張貼公務告示，未料其黏膠卻造成牆面嚴重損毀後，清潔員又異想天開，自行提油漆塗抹，除了原損毀處，又在其他牆面也恣意亂塗…根據專業單位評估，台北市環保局此舉造成的損壞，修復經費恐達上百萬元。
廟方與文化局、環保局耗費了將近一年的時間協商賠償之際。在同一面牆上又被台北自來水事業處西區分處逕自張貼施工告示。對此艋舺清水巖董事長周承澤表示「連公家機關對下屬單位及外包商，都沒有足夠的勤前教育，讓第一線施工人員屢次造成破壞，文化資產的保存真的不能只靠表列的唯一保存者。」
根據《文化資產保存法》第103條規定，「遷移、拆除、毀損古蹟、暫訂古蹟、考古遺址、國寶、古物等等，處6個月以上5年以下有期徒刑，得併科新臺幣50萬元以上2000萬元以下罰金。」因此周承澤強調，艋舺清水巖祖師廟想藉此呼籲各級政府所屬機關重視文資教育，尤其是文化機關及第一線的各級施工單位，務必加強基層執行人員之文化資產教育訓練，才能盡量避免第一線人員與民眾誤觸法網，並造成文化資產難以彌補的傷害。