進口、本產咖啡豆數量不成比例，全台進口咖啡豆已經連2年破5萬公噸，本產咖啡豆則約在700到1100公噸之間，東山產區每公斤約700到800元，阿里山大宗生豆每公斤約1100元，農民近年種植的「藝伎」品種每公斤可賣到3000元左右，明顯高於進口貨，但回購率仍比不上進口咖啡豆。
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蔣鎮宇與團隊針對咖啡產銷鏈進行研究，試圖從問題根部解決問題，除了從水資源管理下手，也透過自然農法建構出低碳咖啡莊園模式，增加品種的甜度，又透過發酵技術的改善，以酵母菌、乳酸菌進行二次發酵，增加咖啡豆的風味，能喝出「在地」的感覺。
現在團隊又推出新的系統，以科學儀器輔助傳統杯測，透過儀器檢測咖啡生豆的內含物，包括總糖量、植物鹼（如咖啡因和葫蘆巴鹼）及有機酸（如檸檬酸、蘋果酸、綠原酸等），來提高評鑑的客觀性與準確性；研究團隊發現，台灣生豆在糖分、有機酸、植物鹼等項目上皆表現卓越，以綠原酸這類咖啡多酚為例，就具有抗氧化功效，對人體有益，也增強咖啡風味的深度與層次。
成大微生物科技團隊與本土咖啡莊園合作，透過微生物農法栽種，提升咖啡豆糖分與有機酸，替本土豆打開國際市場新契機，透過創新的評鑑系統，不僅將協助生產者優化生豆品質，也將成為台灣咖啡走向國際的重要里程碑。
