截至6日下午1點50分，水利署發布的一級淹水警戒範圍，包括屏東縣(滿州鄉、牡丹鄉)，二級淹水警戒範圍為臺東縣(大武鄉、綠島鄉、達仁鄉)。
從中央氣象署今日降雨量來看，截至下午1點50分，屏東縣牡丹鄉牡丹村的測站水利署牡丹已達到412.0毫米，接著是臺東縣達仁鄉的測站壽卡346.5毫米，以及屏東縣獅子鄉草埔村的測站壽卡346.0毫米，屏東縣牡丹鄉測站高士的339.0毫米，屏東縣牡丹鄉測站牡丹池山的338.5毫米。
水利署表示，目前河川區域目前無警戒，如上游地區持續降雨，請河川沿岸民眾配合地方政府進行疏散撤離。此外，當發布水庫放流警戒，請下游民眾及工作人員迅速離開河床，以免生危險，目前放水中水庫包括：寶山第二水庫、鯉魚潭水庫、湖山水庫、白河水庫、德元埤水庫、鹽水埤水庫、牡丹水庫。
為強化防汛應變整備，經濟部長郭智輝今日上午由水利署署長林元鵬陪同前往經濟部災害緊急應變小組，親自瞭解經濟部各單位防汛整備辦理情形，並慰問前線執勤人員，為同仁們加油打氣。
郭智輝表示，根據中央氣象署預報，今起至明（7）日為颱風丹娜絲最接近台灣本島的關鍵時刻，全臺各地可能出現強風豪雨，防災工作不容鬆懈，郭部長聽取各單位簡報後，指示各單位執行中的在建工程，包含綠能發展、中油第三接收站等國家重大建設，務必落實安全防護準備，避免災害損失。另外對於交通不便地區或離島地區，請台電公司應預劃進駐搶修人力及機具，以同仁安全為前提，力求在最短時間內做好停電搶修工作。
郭智輝也要求台水公司對颱風期間原水高濁度問題，規劃水源調度替代方案，維持供水不中斷。因離岸風電首當其衝，能源署應督導離岸風電業者，注意各風場風力機於颱風期間之防災情形。此外，也應持續監控物資供應情形，確保物資儲備充足，避免影響民眾生活，並注意物價是否波動，若發生哄抬物價情形，需有因應方式。會中也責成水利署，注意牡丹等水庫降雨情形，審慎操作。
經濟部表示，丹娜絲颱風已逼近臺灣，風雨影響範圍逐漸擴大，同仁雖已有充足的準備，但仍須嚴陣以待，安全標準也需要再提高，包括各地設施的安全、居民的安全、特別是救災同仁的安全，均應加強注意並確保安全無虞。因此，請各單位持續密切掌握颱風動態與天候變化，攜手中央與地方防災團隊，確保各項應變資源到位，全力做好防汛，確保水、電、物資正常供應，災後復建速度力求最快最好。